Grundlagen der Bioinformatik

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Splits, Netzwerke und Orthologie-Vorhersagen

  • Untertitel   Stabilität und Vergleich von Bäumen, Resampling: Jackknife / Bootstrap, Kompatibilität von Splits, Konsensus-Baum, hylogenetische Netzwerke, Datenformate (Newick), Spezies-Bäume und Gen/Sequenz-Bäume, Orthologievorhersage
  • Sprecher   Prof. Dr. Ingo Ebersberger
  • Ort   Biologicum - Bio -1.203 (Hörsaal 2)
  • Datum   17.07.2019 @ 15:15
  • Beschreibung   HINWEIS: Repetitorium am 6.8., 10 Uhr! Bitte an Doodle-Umfrage teilnehmen!

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Phylogenie-Rekonstruktion (Wann ist ein Baum ein 'guter' Baum?)

  • Untertitel   Die ultrametrische Ungleichung, The Neighbour Joining Algorithmus, Vierpunkt-Bedingung, Charaktere, Prinzip der Maximalen Sparsamkeit (Maximum Parsimony), Sequenzevolutionsmodelle, Tree likelihoods, Der Maximum Likelihood Baum
  • Sprecher   Prof. Dr. Ingo Ebersberger
  • Ort   Biologicum - Bio -1.203 (Hörsaal 2)
  • Datum   10.07.2019 @ 15:15

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Cluster-Verfahren und Bäume

  • Untertitel   Plan7 pHMMs, pHMMs in Pfam, Bäume: verdeutlichen Hypothesen / sind Sonderform von Graphen, phylogenetische Bäume, Entitäten entlang eines Baumes evolviert, Notationen für Bäume, Ungewurzelte Bäume, Rekonstruktion der Aufspaltungs-Reihenfolge, ...
  • Sprecher   Prof. Dr. Ingo Ebersberger
  • Ort   Biologicum - Bio -1.203 (Hörsaal 2)
  • Datum   03.07.2019 @ 15:15
  • Beschreibung   , ...Verwendung von Distanzen zur (phylogenetischen) Baum-Rekonstruktion, Hierarchische Clusteranalyse: Fusionierungs-Algorithmen, Distanz-basiertes Clustering, UPGMA

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(Profil) Hidden Markov Modelle

  • Untertitel   Formale Beschreibung von Übergangs- und Emissionswahrscheinlichkeiten, Rekonstruktion des Zustandspfads, Viterbi-Algorithmus: Rekursion / Termination / Backtracking, Posterior state probabilities, Forward / Backward Algorithmus, Pfam Datenbank, ...
  • Sprecher   Prof. Dr. Ingo Ebersberger
  • Ort   Biologicum - Bio -1.203 (Hörsaal 2)
  • Datum   26.06.2019 @ 15:15
  • Beschreibung   ..., Match-Zustände, Modellierung Längenvariation in Sequenzen, Generelle Struktur eines pHMMs

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Markov Ketten und Hidden Markov Modelle

  • Untertitel   Modellierung von DNA- und Proteinsequenzen – Der Würfel; Bedingte, gemeinsame und Rand-Wahrscheinlichkeiten; A posteriori Wahrscheinlichkeiten und der Satz von Bayes; Modellierung von DNA-Sequenzen mittels Markov-Ketten; Anwendung von Markov- Ketten...
  • Sprecher   Prof. Dr. Ingo Ebersberger
  • Ort   Biologicum - Bio -1.203 (Hörsaal 2)
  • Datum   19.06.2019 @ 15:15
  • Beschreibung   ... in der Sequenz-Klassifizierung / bei der Suche nach CpG Islands; Generierung von Plus- und Minus-Modellen; Lösung: Hidden Markov Modelle

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MSA – Part 2 & Profile, Logos und Modelle

  • Untertitel   ClustalW, Progressive Alignment: Once a gap always a gap, Iterative Strategien, Stochastisch iteratives Alignment (Genetischer Algorithmus), Unterschiedliche Programme: unterschiedliche Alignments, Heads or tails, Modellierung funktioneller Einheiten, ...
  • Sprecher   Prof. Dr. Ingo Ebersberger
  • Ort   Biologicum - Bio -1.203 (Hörsaal 2)
  • Datum   12.06.2019 @ 15:00
  • Beschreibung   , ...Modelle funktioneller DNA-Bereiche, Bsp.: ROX1, Sequenzlogos, Kullback-Leibler Distanz, Positions-spezifische Scoring Matrix für ROX1, Einführung von Pseudocounts, Modifizierte Positional Scoring Matrix

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Datenbank-Suchheuristiken und Multiples Sequenzalignment

  • Untertitel   Datenbank-Suche; Heuristik; Suche nach ähnlichen Sequenzen; Bsp. BLAST: Konzept / Sensitivität / Blast bei NCBI / Beispiel-Suche / Ergebnis ist nicht statisch / Beschreibung der Hits / Ergebnis: Übersicht in Distanzbaum, Alignment; E-value; Lotterie-Bsp,
  • Sprecher   Prof. Dr. Ingo Ebersberger
  • Ort   Biologicum - Bio -1.203 (Hörsaal 2)
  • Datum   05.06.2019 @ 15:00
  • Beschreibung   , ...NCBI BLAST Familie: unterschiedliche Algorithmen für unterschiedliche Sequenztypen, Alignment von n Sequenzen, Sum Of Pairs Score, Sequenzgewichte, Progressives Alignment, Guide tree, Baumrekonstruktion

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Bewertung von Ähnlichkeiten und Suchheuristiken

  • Untertitel   Bewertungsschemata für Substitutionen, Bewertung von Aminosäure-Ähnlichkeiten, Bewertung von Substitutionen mit Hilfe der PAM Matrix, PAM Scoring-Matrix, PAM Übergangswahrscheinlichkeits-Matrix: 'relative Mutabilität' / 'Effektive Häufigkeit' /...
  • Sprecher   Prof. Dr. Ingo Ebersberger
  • Ort   Biologicum - Bio -1.203 (Hörsaal 2)
  • Datum   29.05.2019 @ 15:00
  • Beschreibung   .../ Mutationswahrscheinlichkeitsmatrix, Generierung der PAM Scoring-Matrizen, PAM Scoring-Matrizen für die Evaluierung von paarweisen Alignments, BLOcks SUbstitution Matrices (BLOSUM), Sequenzdatenbanken, Hash-Tabellen beschleunigen Suche

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Paarweises Sequenzalignment

  • Untertitel   Die Zeit-abhängige Veränderung von DNA Sequenzen, Evolutionäre Geschichte zweier verwandter DNA Sequenzen, Levenshtein-Distanz, Analyse mittels Dot Plots, Effekt des Filterns, Bsp.: Ähnlichkeit der X Chromosomen von Mensch und Maus, Suche nach der ...,
  • Sprecher   Prof. Dr. Ingo Ebersberger
  • Ort   Biologicum - Bio -1.203 (Hörsaal 2)
  • Datum   22.05.2019 @ 15:00
  • Beschreibung   , ...homologen Position / dem besten Sequenzalignment, Bewertung paarweiser Sequenzalignments, Lösung: Dynamische Programmierung, Needleman-Wunsch Algorithmus, Grenzen des globalen Sequenz-Alignments, Lokales Sequenzalignment nach Smith-Waterman, Elegantere Scoring-Funktionen, Gap-Kosten

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Pattern matching

  • Untertitel   Motivation, Sequenzierung eines ganzen Genoms, Exakte Mustersuche, Wie kann man die Geschwindigkeit der Suche erhöhen?, 'hashing' in der exakten Mustersuche (Rabin-Karp; 0(n+m)), Mustersuche mittels Hash-Tabellen, Suffix-Bäume
  • Sprecher   Prof. Dr. Ingo Ebersberger
  • Ort   Biologicum - Bio -1.203 (Hörsaal 2)
  • Datum   15.05.2019 @ 15:00

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Modellierung von Sequenzevolution

  • Untertitel   Sequenzevolution, Evolution von DNA, Neutrale Theorie der Molekularen Evolution, Modellierung zeitabhängiger Sequenzveränderung, Hamming Distanz, Erwartung, Evolution: Fehler während der DNA Replikation, Poisson-Verteilung, Exponentialverteilung, ...
  • Sprecher   Prof. Dr. Ingo Ebersberger
  • Ort   Biologicum - Bio -1.203 (Hörsaal 2)
  • Datum   08.05.2019 @ 15:00
  • Beschreibung   ..., Zeit-kontinuierliche Markov-Kette, Ratenmatrix Q, Häufigkeitsvektor PI, Veränderungswahrscheinlichkeit, Jukes Cantor Modell, Substitutionsmodelle für DNA Sequenzevolution

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Molekulare Methoden (Datenursprung)

  • Untertitel   Was muss ich bei einer typischen bioinformatischen Analyse beachten?, Das Bestiarium molekularer Methoden, Wie sequenzieren wir DNA?, Amplifikation von DNA Molekülen, Polymerase Chain Reaction, Dye-Terminator Methode, Shotgun Sequenzierung, ...
  • Sprecher   Prof. Dr. Ingo Ebersberger
  • Ort   Biologicum - Bio -1.203 (Hörsaal 2)
  • Datum   24.04.2019 @ 15:00
  • Beschreibung   ..., Sanger Sequenzierung in a Nutshell, 2-nd Generation Sequencing, Sequenzierung durch DNA-Synthese, Sequencing By Synthesis, Sequenzreads im FASTQ Format, Minimum Information Standards

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Organisatorisches, Was ist Bioinformatik?, Molekulare Grundlagen

  • Untertitel   Übungen, Literatur, Analyse von Proteinen, Genomsequenzierung, Rekonstruktion des Metabolismus, DNA als Doppelhelix, Zentrales Dogma der Molekularbiologie, Replikationsprozesse, Transkription, Was ist ein Gen?, RNA, Intron/Exon, Translation, ...
  • Sprecher   Prof. Dr. Ingo Ebersberger
  • Ort   Biologicum - Bio -1.203 (Hörsaal 2)
  • Datum   17.04.2019
  • Beschreibung   ..., Sequenzdatenbanken, Genomgrößen