Algorithmen der Sequenzanalyse

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Algorithmen zur Analyse des Alternativen Spleißens in transkriptomweiten Datensätzen

  • Sprecher   Dr. Kathi Zarnack
  • Ort   Biologicum - Bio 3.201 Seminarraum
  • Datum   16.07.2015 @ 09:15
  • Beschreibung   Aufgrund eines technischen Problems konnten die Folien nicht separat aufgezeichnet werden.

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Special trees and gene trees

  • Untertitel   Orthology prediction, InParanoid, COGs, orthoMCL, OMA (Orthology Matrix Project)
  • Sprecher   Prof. Dr. Ingo Ebersberger
  • Ort   Biologicum - Bio 3.201 Seminarraum
  • Datum   09.07.2015 @ 09:15

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Algorithms in Sequence Analysis 11

  • Untertitel   Phylogeny Reconstruction Part 2
  • Sprecher   Prof. Dr. Ingo Ebersberger
  • Ort   Biologicum - Bio 3.201 Seminarraum
  • Datum   02.07.2015 @ 09:15

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Algorithms in Sequence Analysis 9: Trees (Phylogenies)

  • Untertitel   Hidden Markov Modelle (Wdh.)
  • Sprecher   Prof. Dr. Ingo Ebersberger
  • Ort   Biologicum - Bio 3.201 Seminarraum
  • Datum   25.06.2015 @ 09:15

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Modelle in der Sequenzanalyse

  • Untertitel   PSSMs, Markov-Ketten und (profil-)hidden Markov Modelle
  • Sprecher   Prof. Dr. Ingo Ebersberger
  • Ort   Biologicum - Bio 3.201 Seminarraum
  • Datum   18.06.2015 @ 09:15

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Algorithms in Sequence Analysis 7 - Sequence alignment

  • Untertitel   PAM matrix, Multiple Sequence Alignement, ClustalW, Stochastic iterative alignment, T-COFFEE
  • Sprecher   Prof. Dr. Ingo Ebersberger
  • Ort   Biologicum - Bio 3.201 Seminarraum
  • Datum   11.06.2015 @ 09:15

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Referenzbasiertes Sequence Mapping

  • Sprecher   Prof. Dr. Ingo Ebersberger
  • Ort   Biologicum - Bio 3.201
  • Datum   28.05.2015 @ 09:15
  • Beschreibung   Clip-Seq, MAQ, SAM/BAM, Burrows-Wheeler, Bowtie

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Algorithms in Sequence Analysis 4

  • Untertitel   The FASTQ Format, Coverage and Kmer coverage, Velvet, Repeats, The Breadcrumb algorithm
  • Sprecher   Prof. Dr. Ingo Ebersberger
  • Ort   Biologicum - Bio 3.201 Seminarraum
  • Datum   21.05.2015 @ 09:15

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Algorithms in Sequence Analysis 3 - Library preparation

  • Untertitel   Shotgun Sequencing, De-Novo Sequence Assembly (CAP3), The shortest superstring problem, Eulerian Cycle Problem, De Bruijn Graph
  • Sprecher   Bastian Greshake
  • Ort   Biologicum - Bio 3.201 Seminarraum
  • Datum   07.05.2015 @ 09:15
  • Beschreibung   Bastian Greshake vertritt den wegen Krankheit verhinderten Prof. Dr. Ebersberger.

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Modellierung von Sequenzevolution, i.e. die zeitabhängige Veränderung biologischer Sequenzen

  • Untertitel   Sequence evolution on a gene model, a simple algorithm for modeling biological sequence evolution over time
  • Sprecher   Prof. Dr. Ingo Ebersberger
  • Ort   Biologicum - Bio 3.201 Seminarraum
  • Datum   30.04.2015 @ 09:15

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Algorithms in sequence analysis 2

  • Untertitel   Sanger Sequencing, Illumina sequencing, the 454 method (Pyro-sequenzing, Roche), Single Molecuel Real Time Sequencing (SMRT)
  • Sprecher   Prof. Dr. Ingo Ebersberger
  • Ort   Biologicum - Bio 3.201 Seminarraum
  • Datum   23.04.2015 @ 09:15